1、技术问题
早期PET/MR的整合，是将PMT（光电倍增管）放在磁共振外免得磁场干扰，使用光纤与晶体相连，可是这种方法通常都会降低MR和PET的性能。直至对磁场不敏感的雪崩二极管（APD）、盖格模式APD（Geiger-mode APD，或SiPM），用以替代PMT，为PET和MR的集成带来了可能性。
2、是否需要同步扫描
PET/CT是顺序扫描，扫描时间由PET来决定。同步扫描PET/MR由于MR多对比、多参数、多方位成像，时间由MR序列决定。一体化PET/MR相对比分体式快一倍，而且同步扫描可以实现基于MR的PET运动校正、PET部分容积伪影校正、基于MR的PET重建、不同呼吸和心跳周期的多PET衰减校正等。
3、设备状况
PET/MR在临床前和临床上是发展趋势。德国学者已研究出第二代动物PET/MR，结合MR的高清解剖、多参数功能成像和高灵敏度的PET，大有取代动物PET/CT的趋势。直至2010年以后PET/MR用于临床，有分体式和一体化两种，一体化PET/MR设计原则是将PET探测器集成在磁共振梯度线圈和射频体线圈之间。
4、PET/MR应用
PET/MR主要优势是PET和MR两者互补，同步PET/MR在神经科学大有未来，因为可以在同一生理状态下获得功能学信息，如药物性研究。结合MR的无辐射、高软组织对比、多参数功能成像，PET/MR会触发新的临床应用。为了证明其诊断效能，在完成基础和对比研究后，多中心研究是必要的。
5.PET/MR争论
争论的焦点在于分开扫描后用软件融合是否能达到目的。对于固定部位如头颅，解剖融合没有问题，然而对于运动区域，受到呼吸、心跳和定位的影响，简单的软件融合是很困难的。除此以外，一体化PET/MR大大加快了扫描流程和患者管理。正在研究的超极化（Hyperpolarized）MR技术有助于观察人体的生物化学进程，采集只要1-2分钟。
通过以上的介绍得出在肿瘤学上，PET/MR不会替代PET/CT成为主要的诊断手段。
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